Aż w 11 szkołach specjalnych na 12 skontrolowanych Najwyższa Izba Kontroli stwierdziła co najmniej jedną nieprawidłowość dotyczącą organizacji nauczania, warunków lokalowych, wyposażenia sal lekcyjnych, bezpieczeństwa lub higieny. Nie wiadomo też, czy system kształcenia uczniów w szkołach specjalnych osiąga zamierzone efekty, bo brakuje mechanizmów gromadzenia i analizy danych dotyczących losów absolwentów takich placówek.